La parte norte del edificio fue utilizada como Aduana, siendo este el sitio donde llegaban gran parte de las mercancías provenientes de España y Filipinas.

Hacia 1777 se amplió el edificio hacia el lado del Tribunal del Santo Oficio de la Inquisición, dándole al edificio su aspecto actual. Este edificio fue ocupado posteriormente por diversas dependencias gubernamentales hasta ser ocupado en la actualidad por algunas oficinas de la Secretaría de Educación Pública.

Los trabajos de intervención consistieron principalmente en consolidación de la cimentación del inmueble misma que fue requerida por los problemas que esta generaba en toda la estructura.